90%以上的不能完全通过色谱柱流出的杂质都会集中在柱入口端1cm左右的填料中，所以加保护柱是保护分析柱的有效办法。保护柱位于进样器与分析柱之间，作用主要有两方面： 

1. 截留不溶性颗粒 

2. 吸附样品基质中的杂质

以下两种情况建议使用保护柱： 

1. 中药、天然产物及合成中间体等基质较复杂的样品分析——因溶解性差异导致样品析出而污染分析柱的情况比较严重，梯度洗脱时影响更大。

2. 生物样品分析——因样品的不可逆吸附导致的污染，保护柱可先于分析柱承受这种污染，从而延长分析柱寿命。

保护柱的选择

       第一，保护柱长短。保护柱与分析柱的体积比应在 1:15 至 1:25 之间。对于大部分分析工作来说，一支1cm长的保护柱便能提供充分的保护作用。但是，如果样品非常不清洁，或工作中要经常更换保护柱，那么就应该选择2cm或3cm长的保护柱。但是，随着保护柱的加长，保留时间也会变长。

　　第二，保护柱内径。我们要选择与使用的液相色谱柱内径相同或者相当的保护柱，否则可能会影响到目标物质分析的结果。

　　第三，保护柱填料。 除非特殊情况，一般选择填料基质与分析柱基质完全相同的保护柱。

　　第四，保护柱的结构设计。目前保护柱的结构设计可分为独立式以及直连式3种类型。独立式保护柱是保护柱和分析柱之间用一段管路连接，不用担心与分析柱在连接上的匹配问题。直连式结构可以直接将保护柱与色谱柱进行连接和使用，死体积小，UPLC分析时建议选择直连式保护柱。

保护柱使用注意事项

    1.独立式保护柱与分析柱连接时，连接管路尽可能短，且接口切面平滑，尽量减少死体积以降低柱外展宽效应。

    2.卡套式保护柱一般未标注液流方向，使用时最好自行标注，并按照标注方向来使用，以免正反向使用后，截留的杂质污染分析柱。

    3.直接填装的短柱型保护柱，出现柱压升高或峰型变差时，可不接分析柱进行反向清洗，清洗溶剂可参考分析柱清洗溶剂。

    4.卡套式保护柱，柱芯替换时，注意柱芯与柱套是否存在方向上的匹配，同时不易旋拧过紧，以防滑丝。

    5.保护柱或柱芯一般不建议超声清洗，因可能对填料表面修饰有影响。

    6.如同一保护柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保护柱需先清洗并用流动相平衡保护柱一段时间后，再接分析柱使用。

保护柱的更换时间

保护柱是消耗品,当满足下列条件之一时就应该考虑更换保护柱。

• 色谱柱的理论塔片数下降15%以上； 

• 色谱柱柱前压上升15%以上；

• 最难分离的物质对分辨率下降15%以上； 

• 样品进样次数超过150次； 

• 流动相通过1500倍的色谱柱体积。